Fils d'un peintre en bâtiment, il a grandi dans les quartiers déshérités de Téhéran. Après avoir étudié la réalisation de films à l'Université de Cinéma et de Télévision à Téhéran, Panahi fait plusieurs films pour la télévision iranienne et devient l'assistant réalisateur d'Abbas Kiarostami sur Au travers des oliviers. Son premier long métrage de cinéma, Le Ballon blanc, est récompensé par la Caméra d'or au Festival de Cannes 1995. En 2001 il fait partie du jury du 36^e Festival international du film de Karlovy Vary. Ses deux films à charge sur les inégalités et l'absence de liberté dans la société iranienne : Le Cercle (Dayereh, Lion d'or à Venise en 2000) et Sang et Or (Talāye sorkh, Prix du jury Un certain regard en 2003), ont été interdits par le gouvernement de la République islamique d'Iran à cause de leurs sujets. Ainsi, Le Cercle traite de la condition des femmes dans la république islamique d'Iran et en particulier de la prostitution, et Sang et Or raconte l'histoire d'un vétéran de la guerre avec l'Irak confronté à l'injustice sociale. Le régime interdit également la sortie en salles de Hors jeu (Offside) — Ours d'argent à Berlin en 2006 — qui dénonce la place réservée aux femmes dans son pays. En effet, ce film traite de la fronde des Iraniennes, fans de football, assistant clandestinement aux matches, en contournant l'interdiction faite aux femmes, depuis la révolution islamique de 1979, de pénétrer dans les stades lors des matchs opposant des équipes masculines. Cependant, ce film connaît le succès en Iran grâce aux copies DVD diffusées, en partie clandestinement, dans tout le pays. Alors que les œuvres de Panahi sont systématiquement primées dans les grands festivals internationaux, elles sont aujourd'hui interdites dans son propre pays, même si elles sont distribuées sous forme de DVD, vendus au marché noir. Il inspire toute une nouvelle génération de cinéastes iraniens. Tournant ses films en secret, il invente la technique de la double équipe de tournage. La première est un leurre qui prend en cas de danger la place de la deuxième (la vraie) qui tourne en secret. En juin 2009, il participe dans la rue à de nombreuses manifestations à la suite de la victoire controversée de Mahmoud Ahmadinejad aux élections présidentielles. Fin juillet, il est arrêté quelques jours pour avoir assisté à une cérémonie organisée à la mémoire de la jeune manifestante tuée, Neda Agha Soltan. Libéré, il arbore au festival de Montréal une écharpe verte, couleur de l'opposition, alors qu'il est président du jury. En février 2010, le pouvoir islamique lui interdit de se rendre à la Berlinale 2010 alors qu'il en est l'invité d'honneur. Arrêté le 1^er mars 2010 avec sa femme, sa fille et 15 autres personnes (ces dernières relâchées quarante-huit heures après), il est retenu dans la prison d'Evin par les autorités iraniennes pendant le Festival de Cannes 2010 alors qu'il y est invité à faire partie du jury officiel. Le 18 mai 2010, lors du Festival, une journaliste iranienne révèle que le cinéaste a entamé une grève de la faim pour protester contre les mauvais traitements qu'il subit en prison. Il est libéré sous caution le 25 mai 2010. Lors de la Mostra de Venise 2010, son film L'Accordéon est sélectionné. Mais il ne pourra venir le défendre. En décembre 2010, il est condamné à six ans de prison et il lui est interdit de réaliser des films ou de quitter le pays pendant vingt ans. « Jafar Panahi a été condamné à six ans de prison pour participation à des rassemblements et pour propagande contre le régime », explique son avocate Farideh Gheirat dont les propos sont relayés par l'agence de presse Isna. En février 2011 il est tout de même membre du jury à titre honorifique, à la Berlinale 2011. En octobre 2011, la condamnation est confirmée en appel. Malgré cette interdiction de travailler, Jafar Panahi coréalise avec Mojtaba Mirtahmasb Ceci n'est pas un film qui décrit sa situation. Tourné avec une caméra numérique et parfois avec un iPhone, Jafar Panahi décrit la situation d'un cinéaste qui n'a pas le droit de faire du cinéma. Ce film arrive au Festival de Cannes 2011 et y est présenté hors compétition. Depuis, il fait le tour des festivals de cinéma internationaux. En 2012, avec Nasrin Sotoudeh, il remporte le Prix Sakharov, remis par le Parlement européen. Sous le coup de l'interdiction de quitter le pays, Panahi se fait représenter par sa fille Parmiz Panahi, qui vient recevoir ce prix aux côtés de Shirin Ebadi, Prix Nobel de la paix 2003, qui représente Nasrin Sotoudeh. Panahi coréalise avec Kambuzia Partovi dans le plus grand secret Pardé. Sélectionné à la Berlinale 2013 le film reçoit l'Ours d'argent du meilleur scénario. Le cinéaste se voit ensuite décerner l'Ours d'or pour Taxi Téhéran au Festival de Berlin 2015, film également tourné clandestinement avec une petite caméra. Panahi s'y met en scène comme chauffeur de taxi accueillant dans son véhicule des personnalités ou des anonymes de Téhéran dont il dépeint le quotidien, repoussant la frontière entre fiction et documentaire. Sa jeune nièce est venue à Berlin accepter la récompense en son nom. En octobre 2016, le Centre Pompidou présente une intégrale de ses films et une exposition de ses photos. A cette occasion parait le livre Jafar Panahi: images/nuages de Clément Chéroux et Jean-Michel Frodon, co-édité par le Centre Pompidou et les éditions Filigranes. En 2018, son film Trois visages, en compétition officielle au Festival de Cannes reçoit, ex-æquo avec Alice Rohrwacher, le Prix du scénario.

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